کیست آراکنوئید (Arachnoid Cyst)
این نوع کیست بین مغز و پرده آراکنوئید شکل می‌گیرد و معمولاً مادرزادی است. اگر اندازه‌اش بزرگ شود، می‌تواند باعث سردرد، تهوع یا اختلال در حرکت شود. درمان معمولاً شامل آندوسکوپی یا شنت‌گذاری است.
کیست کلوئید (Colloid Cyst)
در ناحیه بطن سوم مغز شکل می‌گیرد و می‌تواند با انسداد جریان مایع مغزی-نخاعی منجر به افزایش فشار داخل جمجمه شود. درمان جراحی معمولاً از طریق آندوسکوپی مغزی انجام می‌شود.
کیست درموئید و اپیدرموئید
این کیست‌ها حاوی سلول‌های پوستی، مو یا چربی هستند و ممکن است در اثر رشد غیرطبیعی سلول‌ها در دوران جنینی ایجاد شوند. درمان شامل جراحی باز و تخلیه کامل محتویات کیست است.
کیست پینه‌آل (Pineal Cyst)
در غده پینه‌آل در مرکز مغز قرار دارد. اغلب بدون علامت است اما در صورت افزایش اندازه، ممکن است باعث اختلال بینایی یا سردرد شود. در موارد شدید، جراحی توصیه می‌شود.
کیست‌های مرتبط با ناهنجاری‌های مادرزادی
برخی کیست‌ها مانند کیست دیاندسفالیک یا کیست داخل نخاعی به دلیل اختلالات مادرزادی سیستم عصبی مرکزی ایجاد می‌شوند. درمان بسته به محل، اندازه و علائم بیمار تعیین می‌گردد.
کیست‌های ناشی از عفونت یا آسیب‌دیدگی
در اثر ضربه به سر، عفونت‌های مغزی مانند توکسوپلاسموز یا هیداتید، یا خونریزی داخلی، ممکن است کیست‌هایی ایجاد شوند. تشخیص دقیق و درمان دارویی یا جراحی از جمله روش‌های مدیریت این موارد است.